基础医学是湖南中医药大学“十二五”新增重点学科，其中包括《病原生物学》、《人体解剖与组织胚胎学》、《病理学与病理生理学》3个二级学科。学科集“医学微生物学”、“医学免疫学”、“人体寄生虫学”“人体解剖学与组织胚胎学”、“分子生物学”、“病理学与病理生理学”等多学科人才于一体。集教学、教研、科研于一体。十二五期间作为本学将立足重大疾病，结合中医药特色与优势，开展系列研究，例如：重大感染性疾病病因病机与中医药防治研究；心脑血管疾病病理生理机制与中医药防治研究；肿瘤分子生物学机制与中医药防治研究；老年性疾病病因病机与中医药防治研究；人体组织器官与功能的创新研究。通过研究与学科建设，提高基础医学学术水平，丰富与发展中医学经典理论的科学内涵，控制与减少重大疾病对人类健康的危害，提高基础医学学科的社会服务能力，促进学科“产、学、研”协调发展，培养和造就一批较高水平、具有创新能力的学科、学术带头人，将学科建成在国内有较高学术权威的一级学科队伍。